1243 yılında Sultan II. Gıyaseddin Keyhüsrev, Moğol ilerleyişini ve tahribatını durdurmak üzere seksen bin kişilik büyük bir ordu ile Sivas’a vardı. Deneyimli Selçuklu devlet adamları ve kumandanları tarafından “Silâh ve yiyecek maddelerinin çok olduğu Sivas’ta kalınması, buraya kadar gelip yorgun düşecek olan Moğol ordusuyla savaşa girişilmesi” önerilmişse de herhangi bir savaşa katılmamış olan bir takım emîr ve kumandanların heyecanlı ve ısrarlı istekleri üzerine, sultanın emri gereğince, ordu Sivas’tan hareketle Zara-Suşehri arasında, savunma bakımından uygun bulunan Kösedağ’a ulaşarak buradaki ovada konakladı. Öte yandan Baycu Noyan komutasındaki Moğol ordusu da Kösedağ’a yakın olan Akşehir yöresindeki ovaya gelmiş bulunuyordu. Yine burada da deney sahibi devlet adamlarının ve kumandanların savunmada kalınması önerisi reddedilerek II. Gıyaseddin Keyhüsrev tarafından yirmi bin kişilik bir Selçuklu öncü kuvveti, Moğollara karşı saldırıya geçirildi. Göçebe Türklerin savaş taktiğini uygulayan Moğollar, önce sahte bir kaçış yaptılarsa da sonradan süratle geri dönüp karşı saldırıya geçerek Selçuklu öncü kuvvetlerini yok ettiler. Bu durum, ovaya inmekte olan bütün Selçuklu ordusunda da büyük bir telâş ve panik yarattı. Bazı Selçuklu kumandanları ordu saflarını terk ettikleri gibi, Sultan II. Gıyaseddin Keyhüsrev de ağlayarak Tokat’a kaçtı. Başsız kalan Selçuklu ordusu, Moğollarla savaşmaksızın dağıldı. Böylece, Moğollar savaşmadan Kösedağ’da 4 Temmuz 1243 tarihinde kolay bir zafer kazandı. Selçuklu ordusunun ortada olmadığını anlayan Moğollar, Selçuklu ordugâhından sayısız ganimetler ele geçirdi. Bu kolay zaferden sonra Baycu Noyan, Sivas’a yöneldi. Sivas kadısı Necmeddin Moğolların ne denli acımasız olduğunu gördüğü için, şehir ileri gelenleriyle birlikte değerli armağanlarla şehri Baycu Noyan’a teslim ettiler. Halk kıyımdan kurtuldu ancak umdukları gibi şehir yıkımdan kurtulamadı ve Noyan’ın emri ile şehir üç gün yağma edildi. Daha sonra Kayseri üzerine yürüyüp kuşatan Moğol ordusu, kahramanca direnen şehri işgal edip geniş çapta yıkım ve kıyımlarda bulundu. Bu sırada Sultan II. Gıyaseddin Keyhüsrev Ankara üzerinden Antalya’ya kaçıyordu. Moğollar mevsim kışa dönmeden Azeybaycan’a dönme kararı alıp yola koyuldukları için Orta Anadolu Moğol tahribatından şimdilik kurtulmuş oldu. Baycu Noyan, Sivas’tan Azerbaycan’a dönerken Erzincan halkından istediği altınları rızaları ile alamadığı için şehri tahrip edip, yörede büyük kıyımlar yaptı. Artık Anadolu Moğol istilalarının merkezi haline geldiğinden bu korkunç ve dehşet verici Moğol istilâsı karşısında, Anadolu halkının bir kısmı batıya doğru göç etmeye, bir kısmı da Halep civarlarına kaçmaya başladı.