Sultan II. Gıyaseddin Keyhüsrev’in gençliğinden ve tecrübesizliğinden yararlanan Saadettin Köpek devlet yönetimini ele aldı. Kendisine muhalif duruma geçen Selçuklu devlet adamlarını tek tek ortadan kaldırmayı planlıyordu. Köpek, Genç Sultanı da etkileyerek Harzemlerin başı durumunda olan Kayır Han’ı zindana attırdı. Zindandaki ağır koşullara dayanamayan Kayır Han orada vefat etti. Başsız kalan Harzem birlikleri Selçuklu yönetimine küserek Urfa’ya çekildi ve bütün bu bölgeyi yağma etti. Harzem askerlerinin baskınlara ve yağmalamalarına engel olmaya giden Kemâleddin Kâmyâr başarılı olamayınca Saadettin Köpek, Sultan’ı etkileyerek onunda idam fetvasının verilmesini sağladı. Sırayla Şemseddin Altunaba, Hüsameddin Kaymerî ve Taceddin Pervane gibi devletin en üst düzey yöneticilerini ortadan kaldırmayı başaran Köpek, şehzade İzzeddin Kılıç Arslan ile şehzade Rükneddin’i de hapse attırıp öldürttü ve anneleri Adiliyye Hatun’u da Ankara’da yayın kirişi ile boğdurttu. Saadettin Köpek’in hedefinde tek başına kalan Sultan II. Gıyaseddin Keyhüsrev vardı.
Temmuz 1238’de Eyyubîlere karşı kazandığı Samsat zaferinden sonra Saadettin Köpek, Selçuklu hanedanına mensup olduğunu bir tertip ve düzenle ileri sürerek tahta geçmeyi planladı. Durumu geç de olsa anlayan Sultan II. Gıyaseddin Keyhüsrev Sivas subaşısı Hüsameddin Karaca yardımı ile Saadettin Köpek’i öldürttü. Böylece Selçuklu ülkesinde fitne fesat ortadan kalkıp yeniden düzen kurulmuş oldu. Tüm bu olaylar sırasında Ertuğrul Bey, Sultan II. Gıyaseddin Keyhüsrev tarafında olup merhum Sultan Alâeddin Keykubâd’a verdiği sözü yerine getirdi.