Batı yönünde ilerlemekte olan Moğol istilası nedeniyle Türkmenler hızla Güney Doğu Anadolu ve Suriye bölgesine akıyordu. Bölgeye gelen yarı İslam ve Şamanî inançları koruyan göçebe Türkmenler arasında, Samsat yörelerinde Horasanlı Baba İlyas adlı, daha çok Şamanî inançlara bağlı bir Türk şeyhi dini ve siyasi amaçları doğrultusunda peygamberlik iddiasında bulularak göçebe Türkmenleri etrafında topladı. Ülkedeki haksız ve adaletsiz yönetim olduğunu savunarak göçebeleri Sultan II. Gıyaseddin Keyhüsrev’e karşı cihada sevk etti. İsyancılar Sumeysat (Samsat), Kâhta, Adıyaman, Harput ve Malatya bölgelerini istila ve yağma ederek Sivas’a kadar yürüyüp, üzerlerine gönderilen Selçuklu askerlerini bozguna uğratarak Tokat ve Amasya taraflarını da işgal ederek büyük bir yıkım yaptılar. Durumun ciddiyeti karşısında Kubadâbad’a giden Sultan II. Gıyaseddin Keyhüsrev, asilere karşı Amasya subaşılığına atadığı Mubarizüddin Armağanşah’ı gönderdi. Armağanşah Baba İlyas’ı öldürmeyi başardı ise de “Tanrı Peygamberi” olduğuna inandıkları Baba İlyas’ın “hiçbir fani insan tarafından öldürülemeyeceğine ve onun göğe çıkıp meleklerin yardımını sağlayacağına” inanan Türkmenler, hayatı hiçe sayarcasına çarpışıp Armağanşah’ı öldürdüler. Daha sonra Baba İlyas’a bağlı oldukları için Babaî adını alan bu Türkmenler, Baba İshak’ın komutasında Konya yönünde ilerlemeye başladılar. Çok geçmeden onlar, Necmeddin Behramşah kumandasındaki altmış bin kişilik Selçuklu ordusu karşısında, Kırşehir’e bağlı Malya ovasında, kesin bir yenilgiye uğratılıp Baba İshak’la birlikte tamamen yok edildiler. Böylece, 1240 yılı sonu itibarı ile Türkiye Selçuklu Devleti’ni ciddi şekilde sarsan bu tehlikeli dinî, siyasî ve ekonomik hareket bastırılmış ve dolayısıyla ülke sükûna kavuşturulmuş oldu.